エメラルドは確かに傷が入りやすい宝石です。
天然のエメラルドには、内包物（インクルージョン）があるのが普通で、
それは「ジャルダン（庭）」と呼ばれ、天然の証とされています。

表面の傷の程度にもよりますが、買取自体は可能だと思います。
ただし、傷の大きさや位置によっては査定額に影響する可能性があります。
まずは査定に出してみることをおすすめします。